14 tháng 9 năm 1321, Sát thủ Dante Alighieri bị các Templar giết chết, tập Codex được các Sát Thủ đem phân tán ra khắp Ý để tránh rơi vào tay Hội Dòng Đền. Tháng 1 năm 1324, Marco Polo và một số lãnh đạo chủ chốt của Hội Sát Thủ bị giết chết. Domenico Auditore đã lập ra Gia tộc Auditore ở Firenze, và căn cứ Hội Sát Thủ Ý chuyển về Villa Audirore tại Monteriggioni. Năm 1340, một Templar Ai Cập đã đánh cắp Quyền Trượng của Aset đem về Karnak. Tuy nhiên, Sát thủ Numa Al’Khamsin và người học việc Ali Al-Ghraib đã lấy lại được nó. Tuy sau Ali và Numa đều bị giết, Quyền Trượng của Aset vẫn được giấu kín trong một cái giếng ở đâu đó, và nó lạc luôn.
Sát Thủ Al’Khamsin đối đầu với các Templar tại Ai Cập, 1340
Năm 1348, một nhóm Templar được gọi là Huynh đệ Thập giá đã đi khắp châu Âu để cứu chữa Cái Chết Đen, trong khi mục đích chính là tìm tạo tác tên Ankh. Tuy nhiên họ đã biến mất một cách bí ẩn không thể giải thích được, cùng với một Sát thủ tên Lukas Zurburg. Năm 1355, Hội Sát Thủ Ý ăn cắp một Tấm Vải Liệm Địa Đàng từ tay một Templar Pháp Geoffroy de Charny, rồi giấu ở dưới biệt thự Villa Auditore. Cuối thế kỉ 14, Hội Dòng Đền Scotland bắt đầu thám hiểm thế giới mới, dẫn đầu bởi Henry Sinclair và Sir James Gunn, và vào tháng 6 năm 1398 họ đã đến được Bắc Mỹ. Năm 1402, tháng 7, Hội Dòng Đền đã hỗ trợ Minh Thành Tổ lên ngôi, và thanh trừng Hội Sát Thủ Trung Hoa. Sát thủ Lý Tống cùng với một người học việc đã trốn thoát cùng một Quả Táo Địa Đàng, và sau này ám sát Hoàng đế Trung Hoa vào 12 tháng 8 năm 1424. Vào năm 1431, giữa cuộc chiến tranh Trăm Năm, sau khi phát hiện một chiến binh Pháp Jeanne d’Arc đã sở hữu một Thanh Gươm Địa Đàng, Hội Dòng Đền đã dàn dựng bắt giữ cô ấy và đoạt lại bảo vật. Tháng 12 năm 1476, Vương công xứ Wallachia, Templar Vlad the Impaler (hay còn được biết đến với cái tên thân thương Dracula), đã bị lãnh đạo Sát thủ Ottoman, Ishak Pasha giết chết.
Buổi hành hình Sát thủ Giovanni Auditore da Firenze và các con trai do Rodrigo Boriga chủ mưu
Năm 1476, Hồng Y Rodrigo Borgia trở thành Đại Sư Templar Ý, bắt đầu một giai đoạn tăm tối của Hội Dòng Đền, khi mà thay vì mục đích tìm kiếm hòa bình, thì thành ra sự tham lam và ham muốn quyền lực để kiểm soát khu vực. Ngày 26 tháng 12, 1476, Hội Dòng Đền đã ám sát công tước Milan Galeazzo Maria Sforza. Tại Florence, vào ngày 29 tháng 12, Giovanni Auditore da Firenze, một lãnh đạo Sát thủ bị hành hình cùng với 2 người con Federico và Petruccio. Ngày 26 tháng 4, 1478, các Templar âm mưu ám sát Lorenzo de ‘Medici, lãnh đạo Florence, tuy nhiên gặp thất bại do Sát thủ Ezio Auditore, người con trai còn sót lại của Giovanni cản trở. Ngày 14 tháng 9 năm 1485, Hội Dòng Đền đầu độc Tổng Trấn Venice Giovanni Mocenigo, và đưa một Templar là Marco Barbarigo lên thay, cho đến khi bị Ezio ám sát vào tháng 2 năm 1486. Đồng thời, Ezio cũng đã thu thập toàn bộ các trang Codex của Altaïr, và đã khám phá ra được một lời tiên báo về Nhà Tiên Tri, một nhân vật sẽ xuất hiện khi một Quả Táo Địa Đàng xuất hiện tại Ý. Ngày 11 tháng 7 năm 1486, Rodrigo gửi các đệ tử đi đến quần đảo Síp để thu hồi một Quả Táo Địa Đàng, vốn được giấu vào năm 1482 bởi một Templar – Hoàng thân Ottoman tên Cem. 25 tháng 6, 1488, Quả Táo được các Templar mang về Venice, tuy nhiên Ezio với sự giúp đỡ của các Sát thủ đã đoạt lấy nó, và anh được chính thức gia nhập vào Hội Sát Thủ Ý. Tuy nhiên tại Forlì, Ezio đã làm lạc Quả Táo về tay tu sĩ Girolamo Savonarola vào tháng 7 năm 1488. Còn Rodrigo sau khi đánh mất Quả Táo, thì lại tập trung vào việc hối lộ các hồng y khác để trở thành một ứng cử viên Giáo Hoàng.
Aguilar de Nerha đưa Quả Táo Địa Đàng cho Christopher Columbus cất giấu
Thập niên 1490, Tòa án Dị Giáo Tây Ban Nha, do một Templar là Đại Quan tòa Tomás de Torquemada đã bắt đầu truy bắt và thanh trừng Hội Sát Thủ nơi đây. Năm 1491, Christopher Columbus và bạn ông, Sát thủ Luis de Santángel đã giúp đỡ Ezio phá vỡ mối liên kết của Rodrigo và Tomás. Sau cùng Rodrigo thất bại trong việc ngăn chặn Columbus khám phá Tân Thế Giới. Trong lúc đó vào tháng 12 cùng năm, một nhóm Sát thủ khác bao gồm Benedicto, Aguilar de Nerha và Maria ngăn chặn âm mưu bắt cóc con trai của Emir Muhammad XII của Torquemada để trao đổi với Quả Táo Địa Đàng. Tuy nhiên nhóm Sát thủ này bị bắt và đưa ra Tòa Dị giáo, mặc dù Bendicto bị giết chết, Aguilar và Maria xoay sở trốn thoát. Ngày 2 tháng 1 năm 1492, tại Granada, Aguilar và Maria đã cắt ngang cuộc trao đổi con tin của Torquemada, và đoạt lại Quả Táo, nhưng Maria bị giết. Aguilar trốn thoát, sau đó giao Quả Táo cho Christopher Columbus cất giấu. Một thời gian sau, Ezio đối đầu với Torquemada, nhưng vì hắn giả vờ thiếu hiểu biết về Templar và các âm mưu của Rodrigo, nên Ezio quyết định tha chết cho hắn. Sau này, Aguilar trở thành Cố Vấn Hội Sát Thủ Tây Ban Nha.
Ezio Auditore đối đầu với Giáo hoàng Rodrigo Boriga tại Vatican, năm 1499
Ngày 11 tháng 8, 1492, Rodrigo Boriga trở thành Giáo Hoàng Alexander đệ Lục, và sở hữu một cây Quyền Trượng Địa Đàng và Căn hầm Isu ở dưới nền Vatican. Năm 1497 và 1498, các Sát thủ Ý đã lấy lại Quả Táo từ tay Girolamo Savonarola, người đã sử dụng nó để trở thành lãnh đạo của Florence. Vào ngày 17 tháng 9, 1498, các Sát thủ Tây Ban Nha cuối cùng đã giết chết Đại Quan tòa Tomás de Torquemada. Ngày 28 tháng 12 năm 1499, Ezio Auditore đột nhập vào Vatican đối đầu với Rodrigo, cuối cùng anh cũng đã kết hợp Quả Táo và Quyền Trượng để mở cửa Căn hầm, và trở thành Vị Tiên Tri, nhận lấy thông điệp từ Isu Miverva dành cho hậu duệ của mình Desmond Miles. Sau khi Ezio Auditore trở về Monteriggioni, con trai của Rodrigo, Tổng chỉ huy quân đội Tòa Thánh Cesare Borgia đã vây hãm nơi này vào ngày 2 tháng 1, 1500, giết chết lãnh đạo Sát thủ Mario Auditore và đoạt lại Quả Táo Địa Đàng. Cesare nhanh chóng trở thành lãnh đạo của Hội Dòng Đền, và lan rộng sự ảnh hưởng của họ ra khắp Châu Âu, đạt đến các hội động của vua Louis XII của Pháp, vua Manuel I Bồ Đào Nha, Nữ hoàng Isabella I của Tây Ban Nha và vua Henry VII của Anh.
Cesare Boriga và các Templar trong cuộc vây hãm Monteriggioni đầu năm 1500
Tại Rome, Niccolò Machiavelli trở thành thủ lĩnh Hội Sát Thủ Ý, và ông cùng với Ezio Auditore đã xây dựng một Hội Sát Thủ mạnh mẽ và dần dần chặt bớt vây cánh của Cesare. Vào tháng 8 năm 1503, Ezio được phong làm Cố Vấn Hội Sát Thủ Ý, còn Rodrigo Borgia, phản đối việc xáo trộn hòa bình do các Templar gây ra trong thành phố, đã giấu Quả Táo khỏi Cesare, và tìm cách đầu độc hắn. Tuy nhiên Cesare đã giết chết ông và tra hỏi cô em gái Lucrezia để xác định được vị trí tạo tác. Nghe lén được, Ezio đã nhanh chân hơn Cesare và đoạt lại Quả Táo Địa Đàng, và sử dụng đó trong những tháng sau để cô lập hắn. Cuối cùng, tháng 12 năm 1503, Cesare Boriga bị bắt giam theo lệnh của Tân Giáo Hoàng Julius đệ Nhị, tuy nhiên đã sớm trốn thoát qua Tây Ban Nha. 26 tháng 11 năm 1504, Sát thủ Luis de Santángel cũng đã đầu độc nữ hoàng Tây Ban Nha Isabella. Năm 1506, Ezio giấu Quả Táo Địa Đàng dưới Colosseum sau khi dùng nó để xác định vị trí Cesare ẩn náu. Tháng 3 năm 1507, Ezio truy đuổi đến Viana và cuối cùng cũng đã giết chết Cesare Borgia.
Ezio Auditore đối đầu với Cesare Borgia ở cuộc tấn công Viana năm 1507
Kể từ cuối thế kỉ 15, Hội Dòng Đền tại Anh cũng đã cố khôi phục Gia tộc York như một gia đình hoàng gia nhằm kiểm soát nước Anh từ tay vua Henry VII triều Tudor. Họ lần lượt tạo ra những cuộc nổi dậy thông qua con rối Lambert Simnel và Perkin Warbeck vào năm 1487 và 1490, nhưng đều bị ngăn chặn. Năm 1503, nhóm Sát thủ đã đến Anh để trợ giúp vua Henry, và ám sát một đồng minh của Hội Dòng Đền, Margaret nhà York.
Các Byzantine Templar ở Masyaf, năm 1510
Tháng 9 năm 1509 tại Constantinople, một nhóm Templar, xuất hiện dưới danh nghĩa Đế Quốc Đông La Mã Byzantine, đã xung đột với các người lính Ottoman và Hội Sát Thủ tại đây, với hy vọng sẽ thiết lập lại triều đại Byzantine của mình. Tuy nhiên, một thời gian sau Hoàng tử Ahmed, con trai của Sultan đang trị vì nơi đây, và là cháu của Templar Cem đã trở thành Đại Sư của Hội Dòng Đền. Mùa đông năm 1510, Ezio Auditore đã đọc được những bức thư của cha mình về một thư viện dưới lòng Masyaf, quyết định du hành đến đây để giải đáp những băn khoăn về cuộc đời mình. Năm 1511, Hội Dòng Đền tìm ra cuốn hồi kí Cuộc Thập Tự Chinh Bí mật của Niccolò Polo và đã phát hiện ra sự tồn tại của thư viện Masyaf, tin rằng nó sẽ là chìa khóa để tìm ra Đại Điện của Những Kẻ Đến Trước. Sau đó, một nhóm Templar chịu trách nhiệm tìm kiếm thư viện Masyaf dưới sự chỉ huy của Leandros đã phục kích và bắt được Ezio Auditore khi ông đến đây, nhưng Ezio đã nhanh chóng thoát ra và đoạt lại được cuốn hồi kí này.
Ezio được chào đón bởi Yusuf Tazim khi đến Constantinople
Tháng 4 năm 1511, Ezio đến Constantinople để thu thập các chìa khóa thư viện – Con Dấu Ký Ức của Altaïr. đồng thời tham gia vào cuộc chiến với Hội Dòng Đền tại đây với sự giúp đỡ của người bạn, Lãnh đạo Sát thủ Ottoman Yusuf Tazim và Hoàng tử Suleiman. Cuối cùng, Ezio cũng đã lấy được 5 Con Dấu, tuy nhiên Ahmed đã giết chết Yusuf và bắt cóc Sofia Sartor, một mối quan tâm tình cảm của Ezio để trao đổi những chìa khóa này. Sau đó Ezio cũng đã giải cứu Sofia và lấy lại các Con Dấu, còn Ahmed bị anh trai của mình, Sultan Selim giết chết để đảm bảo ngôi báu. Với 5 Con Dấu, vào tháng 5 năm 1512, Ezio cũng đã mở được thư viện ở Masyaf và khám phá được Quả Táo Địa Đàng nơi đây, tuy nhiên đã quyết định để lại tạo tác ở đấy và trở về Ý và kết hôn với Sofia. Ông tiếp tục làm lãnh đạo của Hội Sát Thủ, giữ vững danh tiếng như một Cố Vấn huyền thoại trên khắp thế giới, trước khi chính thức về hưu vào năm 1515.
Ezio khám phá ra Thư viện Masyaf vào tháng 5 năm 1512
Đầu thế kỉ 16, sau khi các nhà hàng hải châu Âu đã khám phá ra châu Mỹ, Hội Dòng Đền và Hội Sát Thủ đã tìm cách truyền bá ảnh hưởng của mình về Tân Thế Giới, và đã cố gắng thiết lập sự hiện diện của mình ở vùng đất đó. Tháng 2 năm 1519, Sát thủ Giovanni Borgia (con trai của Lucrezia và cháu ngoại của Rodrigo Borgia) đã tham gia với nhà chinh phục Tây Ban Nha Hernán Cortés đi đến Mexico. Vài tháng sau, họ đã tìm ra thủ đô của người Aztec ở Tenochtitlan. Đêm 20 tháng 5 năm 1520, người Tây Ban Nha tàn sát người Aztec trong sự kiện gọi là Đêm của nỗi buồn, còn Giovanni trong lúc hỗn loạn thì lấy một Hộp Sọ Pha Lê và trở về châu Âu. 20 tháng 4 năm 1521, một số Sát thủ Trung Hoa đã đột nhập vào cung điện và giải cứu một số tỳ thiếp của Minh Vũ Tông, trong đó có Shao Jun. Vào tháng 7 1521, một Templar tên Juan Ponce de León đã khám phá ra Suối Nguồn Tươi Trẻ tại Florida, nhưng lại bị Miguel Ramón Carlo de Lugo, một Sát thủ địa phương giết chết.
Ezio lúc về già, tại biệt thự của gia đình ở nông thôn
Vào năm 1524, Ezio đang sống cùng gia đình ở một biệt thự nông thôn vùng Tuscan. Tháng 11, khi Sofia và con trai Marcello đi thăm em gái Claudia của Ezio, còn ông thì thu hoạch nho, một Sát thủ Shao Jun đến để tìm ông, nhằm mục đích học hỏi kiến thức và cách để gầy dựng lại Hội Sát Thủ vốn bị thanh trừng tại Trung Hoa. Mặc dù thời gian đầu miễn cưỡng từ chối, cuối cùng Ezio truyền lại cho Shao Jun một số kiến thức và kỹ năng của Hội Sát Thủ, đồng thời nói về tầm quan trọng của tình yêu thương, thứ gắn kết Hội Sát Thủ vững mạnh. Đêm đó, một số lính Trung Hoa đã tấn công biệt thự của Ezio, và 2 thầy trò cũng đã hạ gục chúng. Sáng sớm sau trước khi Shao Jun rời đi, Ezio trao cho cô một chiếc hộp nhỏ, bảo rằng chỉ nên mở nó khi lạc lối. Mặc dù ngay từ đầu Ezio biết rằng chiếc hộp rỗng, dù nó là 1 tạo tác Địa Đàng, ông đã muốn dạy cô gái nhỏ một bài học rằng chỉ có bản thân mới có thể quyết định được con đường của mình. Ngày 30 tháng 11 năm 1524, Ezio đi đến Florence cùng với Sofia và con gái Flavia. Tại một quảng trường nắng, Ezio Auditore da Firenze, Sát thủ nổi tiếng nước Ý, một trong những Cố Vấn vĩ đại nhất của Hội Sát thủ, đã thanh thản trút hơi thở cuối cùng ở tuổi 65, qua đời vì một cơn đau tim nhẹ.
Ezio trao cho Shao Jun chiếc Hộp Tiền thân
Năm 1526, Shao Jun trở về Trung Hoa và gặp lại sư phụ là Vương Dương Minh, Sát thủ duy nhất vẫn còn sống sau sự thanh trừng của Minh Thế Tông và Nhóm Templar Bát Hổ. Cùng nhau, họ tiêu diệt từng thành viên Bát Hổ ở khắp Trung Hoa. Tuy nhiên, Trương Dương, lãnh đạo tổ chức này đã giết chết Vương Dương Minh vào năm 1529, và đoạt lấy chiếc hộp Tiền thân mà Shao Jun đã đưa cho ông. Cuối cùng, vào năm 1532, Shao Jun cũng đã giết chết được Trương Dương, nhưng chiếc hộp đã đi xa. Cô trở thành Cố Vấn và xây dựng lại Hội Sát Thủ ở Trung Hoa, cuối cũng cũng ám sát hoàng đế Minh Thế Tông đầu năm 1567.
Shao Jun đối đầu với Thủ lĩnh Bát Hổ Trương Dương ở Vạn Lý Trường Thành
Năm 1536, một nhà chinh phục Tây Ban Nha, đồng thời là Templar Francisco Pizarro âm mưu ám sát vua Inca Manco Inca Yupanqui, tuy nhiên thất bại do sự can thiệp của Sát thủ Gonzalo Pardo. Năm 1541, Pizarro bị giết chết. Vào giữa thập niên 1550, cuối cùng Hội Dòng Đền cũng đã kiểm soát nước Anh thông qua cháu gái vua Henry, nữ hoàng Mary đệ Nhất. Tuy nhiên năm 1558, Nữ hoàng Anh Mary bị Hội Sát Thủ ám sát, và tháng 1 năm 1559 đã tôn lên Nữ hoàng Elizabeth đệ Nhất, người đã đưa nước Anh lên một thời kì hoàng kim nhờ vào một Quả Táo Địa Đàng.
Từ trái sang: Hattori Hanzo, Yamauchi Taka và Hattori Masanari
Nửa đầu thế kỉ 16, Hội Dòng Đền đã tìm cách mở rộng tầm ảnh hưởng của mình. Vào tháng 7 năm 1549, giáo sĩ Dòng tên Francis Xavier tìm thấy cơ hội để truyền bá Kito Giáo và tư tưởng Templar tại Nhật Bản, thời kì Chiến Quốc. Sau khi biết được Hội Dòng Đền đã có sự hiện diện tại Nhật, Hội Sát Thủ cũng đã nhanh chóng đến đây, tìm thấy đồng minh đối với các gia tộc Ninja Nhật Bản, và theo đó cũng đã tiếp nhận một số kỹ thuật và phương pháp mới. Hội Sát Thủ cũng đã kết đồng minh với Tokugawa Ieyasu, và chư hầu của ông Hattori Hanzo mau chóng trở thành một Master Assassin. Ngoài việc cạnh tranh với Hội Dòng Đền, Hội Sát Thủ còn hỗ trợ gia tộc Tokugawa thống nhất đất nước. Hanzo cũng đã giết chết các lãnh chúa đối thủ Mori Motonari vào năm 1751, Takeda Shingen vào năm 1753, và lãnh chúa Templar Uesugi Kenshin vào năm 1578. Khi Tokugawa phát hiện rằng Daimyo Oda Nobunaga sở hữu một Thanh Gươm Địa Đàng và đang bị tấn công bởi chư hầu Akechi Mitsuhide vào tháng 6 năm 1582, Sát thủ Yamauchi Taka đã bí mật giết Nobunaga giữa trận chiến và chiếm lại thanh gươm, sau đó tạo tác được đem về Trung Hoa.
Mochizuki Chiyome, nữ kunochi xinh đẹp của Hội Dòng Đền
Những năm 1590, Hội Dòng Đền tuyển dụng một kunochi là Mochizuki Chiyome, một điệp viên tài năng với mạng lưới thông tin rộng lớn giúp họ truyền bá triết lý của mình khắp Nhật Bản. Tuy nhiên một thời gian sau Chiyome đã bị Hanzo giết chết, còn Hanzo cũng đã bị một ninja đối thủ Fuma Kotaro giết chết vào tháng 12 năm 1596. Nghi ngờ Daimyo Toyotomi Hideyoshi đứng đằng sau vụ này, Tokugawa Ieyasu đã giao nhiệm vụ cho Yamauchi Taka điều tra, dẫn đến việc ám sát Hideyoshi vào tháng 9 năm 1598. Căng thẳng leo thang để rồi dẫn đến trận Sekigahara nổ ra vào ngày 21 tháng 10 năm 1600 với chiến thắng của Ieyasu, tạo nền tảng cho thời Mạc Phủ Tokugawa. Tháng 5 năm 1615, Cuộc Vây hãm Osaka đã nổ ra giữa Mạc Phủ Tokugawa và gia tộc Toyotomi, sau đó gia tộc Toyotomi đã bị đánh bại. Tuy nhiên rất nhiều võ sĩ, trong đó có Sát thủ Hattori Masanari đã thiệt mạng trong cuộc xung đột.
